吕晓雯

研究领域

     发育过程中表观遗传信息通过控制时空特异性基因的有序表达精确调控细胞的命运。本课题组主要研究胚胎发育及胚胎干细胞定向分化过程中基因表达谱重编程的表观遗传调控机理，重点关注增强子、绝缘子等转录调控元件序列在细胞命运决定过程中通过染色质微环境及染色质远程互作对靶基因转录水平的调控作用。通过优化并开发生物信息分析流程提出新的理论模型，采用最新的基因编辑技术并优化多组学文库构建技术对模型进行生物学功能验证，为理解发育及疾病发生等过程中细胞功能特征的转变提出新的思路。

     目前已在ESCs的应激、定向分化、细胞周期等体系中对增强子等转录调控元件的分子机理开展了一系列研究，并在Science，Cell Stem Cell, Molecular Cell等权威学术期刊上发表论文十余篇，主要发现：1）FOXA及GATA等先锋转录因子与组蛋白修饰等染色质状态在干细胞分化过程中协同调控增强子的活性（Journal of Molecular Cell Biology，2012） 2）通过优化染色质构象捕获及其衍生技术并改进生物信息分析方案，先后在体细胞重编程、干细胞应激及定向分化过程中发现了超级增强子组成的活性染色质区室及非活性转录区组成的异染色质区室的高分辨率定位（Science，2021；Cell Stem Cell, 2016） 3）发现应激相关转录因子AP1及全能性因子OCT4等依赖染色质重塑复合物BAF激活ESCs中的增强子元件，通过锚定NIPBL转载的染色质建构性蛋白Cohesin复合物实现与靶基因的启动子间的远程互作（Molecular Cell, 2018）4）发现hESCs中活性染色质区室对DNA复制较为敏感，而H3K9me3密集分布的一类特殊异染色质能够不依赖于DNA复制机制在新合成的基因组中忠实保留H3K9me3修饰及特殊的异染色质区室结构(Science,2021)。

主要研究方向：

1. 在ESCs的定向分化过程中，研究染色质区室化的形成及变化规律，验证核内大分子“相分离”在区室形成过程中的作用。

2. 在ESCs的定向分化过程中，研究增强子-启动子远程互作的形成及变化规律，挖掘参与时空特异性远程互作的新分子及其作用机制。

3. 研究异染色质特殊的染色质高维结构在ESCs的定向分化过程中渐变对细胞分化潜能的影响，并判断其变化对细胞周期的依赖性。

4. 开发新的生物信息算法工具和分析流程，获得更高分辨率的各层次表观遗传信息的并解读其相互间的关系对基因表达谱的影响。

个人简介

学习经历：

2001~2005南京农业大学生物技术专业 理学学士；

2005~2012中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所发育生物学专业   博士；

工作经历：

2012~2013中国科学院神经科学研究所  助理教授；

2014~2020美国埃默里大学博士后研究员；

2020~至今 厦门大学医学院 教授

代表性成果

1. Klein KN#, Zhao PA#, Lyu X#, Sasaki T, Bartlett DA, Singh AM, Tasan I, Zhang M, Watts LP, Hiraga S, Natsume T, Zhou X, Baslan T, Leung D, Kanemaki MT, Donaldson AD, Zhao H, Dalton S, Corces VG, Gilbert DM. Replication timing maintains the global epigenetic state in human cells. Science. 2021 Apr 23;372, 371–378 (共一作，# equal contribution)

2. Lyu X, Rowley MJ, Corces VG. Architectural Proteins and Pluripotency Factors Cooperate to Orchestrate the Transcriptional Response of hESCs to Temperature Stress. Molecular Cell. 2018 Sep 20;71(6):940-955.

3. Li L#, Lyu X#, Hou C#, Takenaka N, Nguyen HQ, Ong CT, Cubeñas-Potts C, Hu M, Lei EP, Bosco G, Qin ZS, Corces VG. Widespread rearrangement of 3D chromatin organization underlies polycomb-mediated stress-induced silencing. Molecular Cell. 2015 Apr 16;58(2):216-31. (共一作，# equal contribution)

4. Lyu X, Corces VG. Engineering 3D genome organization. Cell Research. 2019 Jan;29(1):1-3.

5. Xu C#, Lu X#, Chen EZ, He Z, Uyunbilig B, Li G, Ma Y, Hui L, Xie B, Gao Y, Ding X, Hu Y, Hu P*, Han JD*, Wang X. Genome-wide roles of Foxa2 in directing liver specification. Journal of Molecular Cell Biology. 2012 Dec;4(6):420-2. (共一作，#equal contribution; * corresponding authors)

主持科研项目

1. 染色质高维结构在人胚胎干细胞向胰岛β细胞分化过程中的动态变化，国家自然科学基金面上项目（3217040117），2022.01 - 2025.12，58万元，主持
   

代表性论文

1. Klein KN#, Zhao PA#, Lyu X#, Sasaki T, Bartlett DA, Singh AM, Tasan I, Zhang M, Watts LP, Hiraga S, Natsume T, Zhou X, Baslan T, Leung D, Kanemaki MT, Donaldson AD, Zhao H, Dalton S, Corces VG, Gilbert DM. Replication timing maintains the global epigenetic state in human cells. Science. 2021 Apr 23;372, 371–378 (共一作，# equal contribution)

2. Lyu X, Rowley MJ, Corces VG. Architectural Proteins and Pluripotency Factors Cooperate to Orchestrate the Transcriptional Response of hESCs to Temperature Stress. Molecular Cell. 2018 Sep 20;71(6):940-955.

3. Li L#, Lyu X#, Hou C#, Takenaka N, Nguyen HQ, Ong CT, Cubeñas-Potts C, Hu M, Lei EP, Bosco G, Qin ZS, Corces VG. Widespread rearrangement of 3D chromatin organization underlies polycomb-mediated stress-induced silencing. Molecular Cell. 2015 Apr 16;58(2):216-31. (共一作，# equal contribution)

4. Lyu X, Corces VG. Engineering 3D genome organization. Cell Research. 2019 Jan;29(1):1-3.

5. Xu C#, Lu X#, Chen EZ, He Z, Uyunbilig B, Li G, Ma Y, Hui L, Xie B, Gao Y, Ding X, Hu Y, Hu P*, Han JD*, Wang X. Genome-wide roles of Foxa2 in directing liver specification. Journal of Molecular Cell Biology. 2012 Dec;4(6):420-2. (共一作，#equal contribution; * corresponding authors)

6. Rowley MJ, Lyu X, Rana V, Ando-Kuri M, Karns R, Bosco G, and Corces VG. Condensin II Counteracts Cohesin and RNA Polymerase II in the Establishment of 3D Chromatin Organization. Cell Reports. 2019 Mar12;26:2890–2903.

7. Rowley MJ#, Nichols MH#, Lyu X, Ando-Kuri M, Rivera ISM, Hermetz K, Wang P, Ruan Y, Corces VG. Evolutionarily Conserved Principles Predict 3D Chromatin Organization. Molecular Cell. 2017 Sep 7;67(5):837-852.

8. Cubeñas-Potts C#, Rowley MJ#, Lyu X, Li G, Lei EP, Corces VG. Different enhancer classes in Drosophila bind distinct architectural proteins and mediate unique chromatin interactions and 3D architecture. Nucleic Acids Res. 2017 Feb 28;45(4):1714-1730.

9. Wilson K#, Dileep V#, Marchal C, Lyu X, Li B, Axel P, Bartlett D, Qin Z, Robins AJ, Schulz TC, Corces VG, Gilbert DM. Rapid Irreversible Transcriptional Reprogramming in Human Stem Cells Accompanied by Discordance between Replication Timing and Chromatin Compartment. Stem Cell Reports. 2019 Jul 9;13(1):193-206.

10. Jung Y, Sauria MEG, Lyu X, Cheema MS, Ausio J, Taylor J, Corces VG. Chromatin States in Mouse Sperm Correlate with Embryonic and Adult Regulatory Landscapes. Cell Reports. 2017 Feb 7;18(6):1366-1382.

11. Beagan JA, Gilgenast TG, Kim J, Plona Z, Norton HK, Hu G, Hsu SC, Shields EJ, Lyu X, Apostolou E, Hochedlinger K, Corces VG, Dekker J, Phillips-Cremins JE. Local Genome Topology Can Exhibit an Incompletely Rewired 3D-Folding State during Somatic Cell Reprogramming. Cell Stem Cell. 2016 May 5;18(5):611-24.

12. Jung YH, Gold HB, Kremsky I, Rowley MJ, Punyawai K, Buonanotte A, Lyu X, Bixler BJ, Chan AWS, and Corces VG. Maintenance of CTCF- and transcription factor-mediated interactions from gametes to the early mouse embryo. Molecular Cell. 2019 Jul 11;75(1):154-171.e5.

13. Gutierrez-Perez I#, Rowley MJ#, Lyu X, Valadez-Graham V, Ballesta-Illan E, Lopez-Atalaya JP, Kremsky IJ, Vallejo DM, Caparros E, Corces VG, Dominguez M. Ecdysone-Induced 3D Chromatin Reorganization Involves Active Enhancers Bound by Pipsqueak and Polycomb. Cell Reports. 2019 Sep 3;28(10):2715-2727.e5.

另，本实验室常年招聘以下两个方向博士后：

方向一：分子生物学/遗传学/生物化学等相关专业背景，获得或即将获得博士学位；熟练掌握分子生物学、细胞培养、基因编辑等基本常规实验操作技术。

方向二：应用数学/统计学/物理学/计算机等相关专业背景，获得或即将获得博士学位；具备扎实的生物信息数据分析能力及丰富的分析经验，熟练掌握Linux、Python、Perl、C、Java、R等语言中的几种。

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